Pertanyent a l'Institut Nacional de les Arts Escèniques i de la Música (Ministeri de Cultura i Esport), la JONDE. va ser creada en 1983 (enguany celebra el seu 40 aniversari) amb el propòsit de formar al més alt nivell a músics espanyols en l'etapa prèvia a l'exercici de la seua professió. El seu objectiu prioritari és el perfeccionament professional i artístic dels seus músics a través de l'estudi i la pràctica del repertori universal simfònic i de cambra, per mitjà de la celebració de diverses Trobades anuals. Aquestes Trobades són tutelades per professors i dirigits per directors de reconegut prestigi nacional i internacional, i culminen amb la celebració de gires de concerts, i l'enregistrament d'un ja extens catàleg de CD i DVD. 

La JONDE ha comptat amb directors convidats com Giulini, Petrenko, Noseda, Hogwood, Biondi, López- Cobos, Mena, Pons, Ros Marbá, Frühbeck de Burgos, Zedda, Pichler, Köhler, Halffter, Penderecki o Colomer, entre altres, i col·laborat amb solistes com Mstislav Rostropovich, John Williams, Teresa Berganza, Juan Diego Flórez, Manuel Blanco, María Bayo, Pablo Sainz Villegas, Rafael Orozco o Asier Polo, entre altres. La JONDE s'ha presentat en nombrosos auditoris i festivals espanyols. La seua projecció a l'estranger ha abastat gires per gran part d'Europa, els Estats Units, Veneçuela i República Dominicana. 

Al llarg de la seua trajectòria, la JONDE ha desenvolupat nombrosos projectes complementaris a la seua activitat principal, com les Acadèmies de Música Barroca o Música Contemporània, la figura de Compositor en Residència, l'encàrrec d'obres a joves compositors a través de la Fundació SGAE i l'Associació Espanyola d'Orquestres Simfòniques (AEOS), i la participació en programes d'intercanvi de músics. 

La JONDE ha sigut dirigida per Edmon Colomer (1983-1995), Llorenç Caballero (1996-2000) i pel compositor José Luis Turina (2001-2019). Des de 2020, la Directora Artística de la JONDE és la violinista i pedagoga espanyola Ana Comesaña.