Perteneciente al Instituto Nacional de las Artes Escénicas y de la Música (Ministerio de Cultura y Deporte), la J.O.N.D.E. fue creada en 1983 (este año celebra su 40 aniversario) con el propósito de formar al más alto nivel a músicos españoles en la etapa previa al ejercicio de su profesión. Su objetivo prioritario es el perfeccionamiento profesional y artístico de sus músicos a través del estudio y la práctica del repertorio universal sinfónico y de cámara, por medio de la celebración de varios Encuentros anuales. Estos Encuentros son tutelados por profesores y dirigidos por directores de reconocido prestigio nacional e internacional, y culminan con la celebración de giras de conciertos, y la grabación de un ya extenso catálogo de CD y DVD. 

La JONDE ha contado con directores invitados como Giulini, Petrenko, Noseda, Hogwood, Biondi, López- Cobos, Mena, Pons, Ros Marbá, Frühbeck de Burgos, Zedda, Pichler, Köhler, Halffter, Penderecki o Colomer, entre otros, y colaborado con solistas como Mstislav Rostropovich, John Williams, Teresa Berganza, Juan Diego Flórez, Manuel Blanco, María Bayo, Pablo Sainz Villegas, Rafael Orozco o Asier Polo, entre otros. La JONDE se ha presentado en numerosos auditorios y festivales españoles. Su proyección en el extranjero ha abarcado giras por gran parte de Europa, Estados Unidos, Venezuela y República Dominicana. 

A lo largo de su trayectoria, la JONDE ha desarrollado numerosos proyectos complementarios a su actividad principal, como las Academias de Música Barroca o Música Contemporánea, la figura de Compositor en Residencia, el encargo de obras a jóvenes compositores a través de la Fundación SGAE y la Asociación Española de Orquestas Sinfónicas (AEOS), y la participación en programas de intercambio de músicos. 

La JONDE ha sido dirigida por Edmon Colomer (1983-1995), Llorenç Caballero (1996-2000) y por el compositor José Luis Turina (2001-2019). Desde 2020, la Directora Artística de la JONDE es la violinista y pedagoga española Ana Comesaña.